Proteinmolekulargewicht Rechner

Kategorie: Biologie
- März 23, 2025
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Gültig

Das Molekulargewicht eines Proteins wird unter Verwendung der Summe der durchschnittlichen isotopischen Massen seiner Aminosäurereste berechnet:

\[ MW = \sum (n_i \times MW_i) - (n_{peptide} \times MW_{H_2O}) \]

Wo:

  • \(n_i\) = Anzahl jeder Aminosäure in der Sequenz
  • \(MW_i\) = Molekulargewicht jeder Aminosäure
  • \(n_{peptide}\) = Gesamtanzahl der Peptidbindungen
  • \(MW_{H_2O}\) = Molekulargewicht eines Wassermoleküls (18,02 Da)

Was ist der Protein-Molekulargewichtsrechner?

Der Protein-Molekulargewichtsrechner hilft dabei, das Molekulargewicht eines Proteins basierend auf seiner Aminosäuresequenz oder -zusammensetzung zu bestimmen. Er berechnet auch zusätzliche Eigenschaften wie den theoretischen isoelektrischen Punkt (pI), den Extinktionskoeffizienten, die Hydrophobizität (GRAVY-Score) und die Nettoladung bei pH 7.

Wie benutzt man den Rechner?

Der Rechner bietet mehrere Möglichkeiten, um Proteindaten einzugeben:

  • Sequenzmethode: Geben Sie die Proteinsequenz mit einbuchstabigen Aminosäurecodes ein.
  • Zusammensetzungsmethode: Geben Sie manuell die Anzahl jeder Aminosäure ein.
  • Erweiterte Optionen: Wenden Sie Modifikationen wie Acetylierung, Disulfidbindungen oder terminale Modifikationen an.

Hauptmerkmale

  • Berechnet das Molekulargewicht sowohl in Dalton (Da) als auch in Kilodalton (kDa).
  • Bestimmt den theoretischen pI basierend auf den pKa-Werten der Aminosäuren.
  • Berechnet den Extinktionskoeffizienten für die UV-Absorption bei 280 nm.
  • Schätzt die Hydrophobizität mit dem GRAVY-Score.
  • Berücksichtigt benutzerdefinierte Modifikationen wie Phosphorylierung, Methylierung und Amidierung.

Warum ist das Molekulargewicht von Proteinen wichtig?

Das Wissen um das Molekulargewicht eines Proteins ist entscheidend für:

  • Elektrophoreseanalysen (SDS-PAGE, Western Blotting).
  • Identifikation durch Massenspektrometrie.
  • Proteinreinigung und Chromatographie.
  • Strukturelle und funktionale Studien.

Häufig gestellte Fragen

Wie wird der theoretische pI berechnet?

Der isoelektrische Punkt (pI) ist der pH-Wert, bei dem das Protein keine Nettoladung hat. Er wird unter Verwendung der Henderson-Hasselbalch-Gleichung berechnet:

\[ pI = \frac{pKa_{pos} + pKa_{neg}}{2} \]

Was ist der Extinktionskoeffizient?

Der Extinktionskoeffizient wird unter Verwendung der Anzahl der Tryptophan (W), Tyrosin (Y) und Cystin (C) Reste berechnet:

\[ \varepsilon = (n_W \times 5500) + (n_Y \times 1490) + (n_C \times 125) \]

Wie geht der Rechner mit Modifikationen um?

Der Rechner ermöglicht es Ihnen, verschiedene posttranslationale Modifikationen anzuwenden, die zum Molekulargewicht des Proteins hinzugefügt oder davon abgezogen werden.

Was ist der GRAVY-Score?

Der Grand Average of Hydropathy (GRAVY) Score ist ein Maß für die Hydrophobizität von Proteinen. Er wird berechnet als:

\[ GRAVY = \frac{\sum (Hydropathy_{AA} \times n_{AA})}{Total\ Amino\ Acids} \]

Warum wird das Wassermolekül in die Berechnung einbezogen?

Jede Peptidbindung führt zum Verlust eines Wassermoleküls, sodass die Gesamtmasse entsprechend angepasst wird.

Fazit

Der Protein-Molekulargewichtsrechner ist ein wertvolles Werkzeug für Forscher und Studenten in der Biochemie und Molekularbiologie. Ob bei der Analyse der Proteinstruktur, der Durchführung von Experimenten oder der Interpretation von Ergebnissen, dieses Werkzeug liefert schnell und genau wesentliche molekulare Eigenschaften.